El descubrimiento de una antigua pirámide enterrada bajo los hielos de la Antártida hace acudir hasta el continente helado a un equipo de científicos y aventureros. Una vez allí, hacen un descubrimiento aún más aterrador: dos razas de extraterrestres en guerra. Gane quien gane, nosotros perdemos. La increíble y terrorífica aventura comienza cuando el millonario industrial Charles Bishop Weyland reúne a un equipo internacional de arqueólogos, científicos y expertos en seguridad, dirigidos por la especialista en medioambiente y aventurera Alexa ”Lex” Woods, para investigar unas misteriosas ”emanaciones de calor” que surgen desde las profundidades de la Antártida.
De regreso a la Tierra, la nave de carga Nostromo interrumpe su viaje y despierta a sus siete tripulantes. El ordenador central, MADRE, ha detectado la misteriosa transmisión de una forma de vida desconocida, procedente de un planeta cercano aparentemente deshabitado. La nave se dirige entonces al extraño planeta para investigar el origen de la comunicación.
Jean-Luc Picard, capitán del USS Enterprise, recibe un mensaje de la flota. Al parecer, el comandante Data, que se encontraba estudiando una sociedad primitiva, ha sufrido un cortocircuito y ha revelado la existencia del equipo de investigación a los habitantes del planeta Ba’Ku. Pronto descubrirá que intentaba defender a ésta sociedad inocente de las aspiraciones de los Son’a.
James T. Kirk, Montgomery Scott y Pavel Chekov asisten al viaje inaugural del USS Enterprise-B, que es requerido para ayudar a un convoy de naves que se hallan atrapadas en un cinturón de energía. Debido a la inexperiencia del capitán, Kirk decide ayudar pero cuando la cubierta donde se hallaba es destruida por una ráfaga de energía, es dado por muerto.
