En una isla del Mississippi, dos chicos descubren a un fugitivo llamado Mud. Ha matado a un hombre para proteger al amor de su vida, Juniper, y ahora se oculta de los cazadores de recompensas. Los chicos acceden a ayudarle a reunirse con Juniper y preparar su huida juntos, sin saber que la aparición de Mud significará el fin de sus infancias.
César y sus monos son forzados a encarar un conflicto mortal contra un ejército de humanos liderado por un brutal coronel. Después de sufrir pérdidas enormes, César lucha con sus instintos más oscuros en una búsqueda por vengar a su especie. Cuando finalmente se encuentren, Cesar y el Coronel protagonizarán una batalla que pondrá en juego el futuro de ambas especies y el del mismo planeta. Tercera película de la nueva saga de El Planeta de los Simios.