Sophie, ahora adolescente, convence a JJ para que acompañe el viaje del coro de su escuela a Italia, donde ambos, sin saberlo, terminan siendo peones en un complot terrorista internacional que tiene como objetivo al jefe de la CIA, David Kim, y su hijo, Collin, quien también resulta ser el mejor amigo de Sophie.
Shanghái, 1934. En un mundo de insectos paralelo al de los humanos, el veterano Inspector Sun, una araña solitaria, lidera su última misión contra su archienemigo Langosta Roja, antes de embarcarse en un merecido retiro. Sus vacaciones a bordo de un avión Pan Am clipper entre Shanghai y San Francisco acaban abruptamente cuando el millonario Dr. Spindelthorp aparece asesinado. Lo que comienza como un caso rutinario para Sun, decidirá finalmente el destino de la humanidad.
Takao, quien está entrenando para convertirse en un zapatero, se salta la escuela para dibujar zapatos en un jardín de estilo japonés, un día se encuentra con una misteriosa mujer, Yukino, que es mayor que él. Los dos se comienzan a ver una y otra vez, pero sólo en días de lluvia. Con el tiempo ellos empiezan a profundizar su relación y a abrirse el uno al otro. Pero el final de la temporada de lluvias está muy cerca…